长江大保护背景下，绿色发展成为热点问题，协同创新是提高绿色发展水平的新动能。选取长江经济带11个省市2009—2017年的面板数据，借助复合系统协同度模型和SBM模型分别测算各省市政用产学研协同创新能力和绿色发展水平，结果表明：随着时间的推移，各省市政用产学研协同创新能力变化不大，但在空间分布上各省市之间差异明显，下游的江浙沪政用产学研协同创新能力最高，其他省市协同度较低；各省市绿色发展水平基本都呈上升趋势，但总体水平不高且各省市之间存在明显差异，下游的沪苏绿色发展水平较高，其他省市都处于中低水平；政用产学研协同创新能力和绿色发展水平都具有较强的区域异质性，且两者步调一致。运用面板Tobit模型分析政用产学研协同创新对绿色发展水平的影响，结果表明，政用产学研协同创新在总体上有利于提高绿色发展水平，其中，中下游地区促进作用最为明显，上游地区协同创新对于绿色发展的作用尚未显现。